ご質問ありがとうございます。
ショット数を埋め込むのはカメラ側の動作のため、当方では「なぜそう記録されているか」は正確にはわかりません。
考えられる現象としては、たとえばRAWで撮った場合です。
RAWデータとサイドカーデータが生まれる場合、それを「2」とカウントしている可能性があります。
またそれ以外にも、HDRモードやドライブモードによっても、データは1枚でも瞬間的に複数枚撮影している場合があります。
RAWとJPEG撮影でショット数の変化を見比べていただけるとその動きがわかります。
またドライブモードを切り替えながらお試しいただければと思います。